Raíz (根, Ne) es un departamento de entrenamiento de Konoha fundado por Danzō Shimura, es además una rama oficialmente disuelta del ANBU de Konohagakure. Llevan a cabo Misiones en las que Danzō cree que se beneficiará la Aldea Oculta de la Hoja, por lo menos algunos de los cuales son menos que respetables. La prioridad de la organización es su secreto, y la mayoría de sus misiones se actúa en la oscuridad, autónomos de la aldea, desde su punto de vista ellos sostienen la creencia de "Mantener al gran árbol de Konoha desde la profundidad de la tierra" .