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Biogene Waffen stellen eine besondere Form von Waffen dar, da sie hauptsächlich darauf zielen, lebende Organismen, wie beispielsweise Humanoide anzugreifen und zu eliminieren. Durch diese Tatsache sind sie vollkommen ungeeignet, um gegen Schiffe oder die Infrastruktur eines bewohnten Planeten eingesetzt zu werden, da sie bei leblosen Objekten keinerlei Wirkung erzielen. Die biogenen Waffen, die sich im Besitz des Maquis befinden, müssen unter besonders kalten Umgebungstemperaturen gelagert werden. Zu den biogenen Waffen gehören unter anderem das Trilithiumharz, das absolut tödlich für Menschen ist. (DS9: ; TNG: )
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Biogene Waffen stellen eine besondere Form von Waffen dar, da sie hauptsächlich darauf zielen, lebende Organismen, wie beispielsweise Humanoide anzugreifen und zu eliminieren. Durch diese Tatsache sind sie vollkommen ungeeignet, um gegen Schiffe oder die Infrastruktur eines bewohnten Planeten eingesetzt zu werden, da sie bei leblosen Objekten keinerlei Wirkung erzielen. Die biogenen Waffen, die sich im Besitz des Maquis befinden, müssen unter besonders kalten Umgebungstemperaturen gelagert werden. Zu den biogenen Waffen gehören unter anderem das Trilithiumharz, das absolut tödlich für Menschen ist. (DS9: ; TNG: ) Eine von mehreren Methoden, die die Xindi entwickelt haben, um die Bevölkerung der Erde auszulöschen, ist eine besondere Biowaffe. Diese wird anschließend von mehreren Reptilianern auf die Erde des Jahres 2004 gebracht. Allerdings nimmt Captain Archer die Verfolgung auf und durchkreuzt erfolgreich die Pläne der Xindi. (ENT: ) Die Augments um Malik stehlen 2154 mehrer Kanister mit Krankheitserregern von Cold Station 12. Malik plant sie später als Waffe gegen die klingonische Qu'Vat-Kolonie einzusetzen, was Millionen Tote fordern und einen Krieg zwischen den Menschen und Klingonen provozieren könnte. Die Enterprise kann dies verhindern. (ENT: , ) Als Commander Jonathan Archer im Spiegeluniversum 2155 davon träumt, welche fantastischen Technologien an Bord der USS Defiant aus der Zukunft zu finden wären denkt er auch an fortschrittliche Biowaffen. (ENT: ) Die Tarellianer setzen in einem schrecklichen Krieg biologische Waffen ein, die schließlich nahezu alle Angehörigen der Spezies vernichten. Die Überlebenden sind mit der Seuche infiziert und werden deswegen im ganzen Quadranten gejagt und getötet, um eine weitere Ausbreitung der Krankheit zu verhindern. Die letzten Überlebenden treffen sich schließlich 2364 mit der USS Enterprise-D, von der aus Wyatt Miller zu ihnen wechselt, um ein Heilmittel zu finden. (TNG: ) Im Krieg zwischen den T'Lani und den Kelleruner wird eine Waffe namens Harvester eingesetzt, die ebenfalls eine biogene Waffe darstellt. (DS9: ) 2373 findet auf Deep Space 9 ein geheimes Treffen zwischen den beiden Waffenhändlern Hagath und Gaila statt. Dabei arrangiert Quark, dass er eine bestimmte Menge von Varaxian LM-Sieben beschafft. Diese stellt eine wirkungsvolle und zugleich experimentelle biogene Waffe dar, die in der Lage ist, innerhalb nur einer Woche mehrere Millionen Personen eliminieren zu können. (DS9: ) Im selben Jahr setzt Captain Benjamin Sisko Trilithiumharz gegen einen Planeten des Maquis ein um den Maquis-Führer Michael Eddington unter Druck zu setzen. Obwohl diese Waffen und ihr Einsatz von der Föderation verboten sind, gibt es nie einen Hinweis darauf, dass Captain Sisko für den Einsatz zur Rechenschaft gezogen wird. (DS9: ) Auch vom Dominion ist offiziell bekannt, dass sie biogene Waffen gegen ihre Feinde einsetzen. Ein grausames Beispiel stellen die Teplaner dar. Als sie sich weigern, ein neues Mitglied des Dominion zu werden, kommen die Jem'Hadar und infizieren die gesamte Bevölkerung mit einer biogenen Waffe namens Quickening. (DS9: , ) Die Thalaronstrahlung besitzt gewisse biogene Eigenschaften, wodurch sie eine sehr effektive Waffe darstellt. Der remanische Warbird Scimitar ist so konstruiert worden, dass das Schiff einen massiven Thalaronstrahl erzeugen kann, der die Fähigkeit besitzt, problemlos z. B. die Bevölkerung eines Planeten vernichten zu können. Die Thalaronwaffe ist jedoch auch gegen Schiffe sehr effektiv. Allerdings benötigte die Scimitar einige Minuten, um die Abschussvorrichtung zu aktivieren. (Star Trek: Nemesis) Die Föderation hat bestimmte Gesetze und Bestimmungen erlassen, der die Entwicklung und den Einsatz solcher Waffen verbietet.
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